性传播疾病的诊断是一个严肃的问题，关系到病人的道德与尊严，社会的风范。因此，每例性传播疾病的确立，必须经由周全询问病史（特别是性接触史），认真的体格检查和必要的实验室检查，全面分析临床和实验资料后作出。
病史可能是病者投医的目的，常较易获得。因此，有效而正确的检查是诊断性传播疾病最初、最直接的取证步骤。通常检查应该在充分自然光或白炽灯下进行，尽可能暴露更多的被检区域。
1、生殖器官检查
此最为重要，因为内外生殖器是性传播疾病的主要攻击器官，原发病变常发生于此。
检查会阴区应充分全面，注意有无特异性皮疹、红斑、鳞屑、结节等；男性检查龟头及冠状沟应翻开包皮充分露出被检处，特别泣意包皮腔、包皮系带两侧的陷窝、阴茎包皮和阴囊上有无病变。尿道口和舟状窝有无充血、水肿、糜烂及溃疡，如有分泌物应泣意共性状，尿道行径有无压痛及可能肿物。前列腺检查我采取胞膝位肛门指检。睾丸和附睾检查注意大小，有无肿大、压痛。
2、皮肤及淋巴结检查
全面的皮脸及粘膜检查不可忽略。常可发现梅毒玫瑰疹、淋球菌皮肤感染，生殖器外的单纯疱疹等特征性的性病损害，艾滋病卡波西内瘤也常先在皮肤发现。粘膜常见梅毒疹或湿疣损害，都具有指导诊断的意义。
性病各部位病变相应的洒巴结检查应注意淋巴结的大小，硬度、活动、压痛、粘连和融合情况，表面状况及是否有脓肿、破溃、窦道和漏管。
3、非生殖器官检查
疑有非生殖器性活动者，应检查口腔、唇、舌、咽候、乳头、股间及肛门，尤其同性恋者上述部位可能有损伤或病损。对肛门可做肛周外观、肛门指检及肛门镜检查。
4、一般体格检查
如评价生长发育、精神及营养状况。神经、循环、消化及运动系统亦当作全面检查。
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